Als die Christian-Albrechts-Universität zu Kiel 1665 gegründet wurde, war zugleich auch der Bau eines Botanischen Gartens beschlossen. Mit Johann Daniel Major (* 1634; † 1693) hatte der Herzog einen Universalgelehrten als Professor der Medizin berufen. Major hatte in Padua studiert, dort den Botanischen Garten kennen und schätzen gelernt und arbeitete danach erfolgreich in Hamburg als Pestarzt, ehe er sich in Kiel niederließ. 1669 schließlich konnte er eigenhändig den Spaten in die Erde stechen und seinen "hortus botanicus" aufbauen. Die Pflanzen dazu erhielt er zum Teil aus dem Neuwerkgarten in Gottorf, zum anderen Teil durch Tausch.
Der 1. Gartenstandort war der Schloßgarten. Der Herzog hatte an seinem Sommersitz ein Viertel des Schloßgartengeländes zur Einrichtung eines vorwiegend für die medizinische Schulung vorgesehenen Gartens abgetreten. Major stattete den Garten ornamental aus, ließ auch die berühmte Gottorfer Aloe (Agave americana) malen und stellte sie dergestalt im Kieler Garten auf.
An einem Demonstrationstisch machte Major seine Studenten, aber auch interessierte Hörer anderer Fakultäten mit Pflanzen und ihren Eigenschaften vertraut.
1727 hätten wir den Botanischen Garten der Christian-Albrechts-Universität am Kloster in der Falkstraße besuchen können. Er war jetzt - ehe Linné die Botanik revolutionierte - zu einem reinen Bevorratungsraum für die medizinische Lehre geworden, in dem schließlich ein Apotheker für die Pflanzenanzucht verantwortlich wurde.
Georg Heinrich Weber schließlich führte den Botanischen Garten wieder zu höheren akademischen Ehren. Seiner Initiative ist es zu verdanken, daß ab 1802 am Akademischen Krankenhaus in der Prüne, das Weber als Privatklinik bauen ließ, ein großer, wohlgestalteter Botanischer Garten angelegt wurde. Weber ließ hier auch Gewächshäuser errichten - und studierte darin bereits südafrikanische Sukkulente. Das begründete die nunmehr Jahrhunderte alte Kieler Sukkulententradition. In diesem Garten studierte Johann Christian Fabricius Pflanzen, Daniel Matthias Heinrich Mohr erlernte zusammen mit Friedrich Weber botanische Grundlagen.
Ernst Ferdinand Nolte schrieb hier an seiner Flora der drei Herzogthümer und arbeitete an der "Flora Danica" mit.
Aus dem zunächst Königlich Dänischen Botanischen Garten war nun ein Königlich Preußischer Botanischer Garten geworden. Neue Universitätsgebäude wurden errichtet - und schließlich war der Weg zur Pflanzenbeschaffung für die Vorlesungen vom neuen Standort in der Nähe des Schlosses in die Innenstadt an die Prüne zu weit geworden. Ein "Neuer Botanischer Garten" wurde geplant. Unter August Wilhelm Eichler begannen die Planungen und wurden unter Adolf Engler schließlich umgesetzt. So erhielten Kiel und seine Universität den ersten nach pflanzengeographischen Gesichtspunkten angelegten Botanischen Garten überhaupt. Als Standort wurde der Garten des Fabrikanten Abraham Christian Brauer am Schwanenweg gewählt; eine überaus schöne Endmoräne mit einem weiten Blick über die Förde bis hinüber in die Probstei. Nach Brauers Tod (1868) hatte die Universität den Sommersitz in der Brunswik aus dessen Nachlaß übernommen. Ab 1873 wurde der Garten umgeformt, wobei Engler in seinen Planungen alte Gehölzgruppen in seine pflanzengeographischen Abteilungen integrierte.
Unter Johannes Reinke (1849-1931) ließ die Universität an Stelle eines alten hölzernen Gartenhäuschens 1891 auf dem Hügel einen spätromantischen Aussichtspavillon errichten. Reinke stellte dort erstmals in einem Botanischen Garten Algen-Aquarien auf, in denen er die Algen der Kieler Bucht zeigte. Daraus entwickelte sich das Institut für Meereskunde. Der Pavillon konnte bis 1994 vollständig saniert werden; ihn krönt eine filigrane Eisenkonstruktion mit einem zentralen Abschluss aus Lotosblüten.
In diesem Garten wurden einige grundlegende botanische Werke geschrieben, wie Eichlers "Blütendiagramme" und späterhin Hermann Jacobsens Sukkulentenbücher.
1975 war klar, daß am neu errichteten Biologiezentrum der Christian-Albrechts-Universität eine "Neuer Botanischer Garten" errichtet werden sollte. Auf dem uralten Ackerland des "Kieler Hofes", das seit dem 19. Jahrhundert Kleingartenanlagen trug, wurde auf rund acht Hektar der Botanische Garten geplant. Ordinarius der Botanik war Prof. Dr. Wilhelm Halbsguth (1912-1988), der gemeinsam mit dem Gartenarchitekten Fenne, einem Reformplaner, der mit Harry Maasz gearbeitet hatte, und dem damaligen Technischen Leiter des Botanischen Gartens, Klaus Hesselbarth, die Verwirklichung vorantrieb. Prof. Dr. Herbert Straka (1920-2009) oblag die fachliche Aufsicht. 1978 waren die letzten Pflanzen, die mitgenommen werden sollten, vermehrt, umgezogen und ausgepflanzt. Der Bau der Gewächshäuser zog sich in zwei Bauabschnitten zunächst bis 1983 und dann bis 1985 hin. Am 6.6.1985 konnte der Garten der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden.
