Eingelassen in den mächtigen Verband der fast vollständig erhaltenen Mühlhäuser Stadtmauer erhebt sich am Lindenbühl ein imposanter Neorenaissancebau, der 1868 bis 1870 als Gymnasium errichtet worden ist. Nachdem Teile des Hauses von 1928 bis 1934 schon ein erstes Heimatmuseum beherbergten, wurde dieser Bau nach wechselnden Nutzungen 1947 zum festen Domizil des Mühlhäuser Heimatmuseums, das aus dem 1879 gegründeten Gewerbemuseum hervorgegangen war. Mit Gründung der Zentralen Gedenkstätte „Deutscher Bauernkrieg“ 1975 wurde dieses Museum in den Gedenkstättenverbund integriert und bildete gleichsam das museale Rückgrat dieses heterogenen Komplexes. Das 1990 in Museum am Lindenbühl umbenannte Haus ist durch gewachsene Sammlungsbestände, durch Neuprofilierungen und Umfang der wissenschaftlich-musealen Arbeit längst dem Status eines Heimatmuseums entwachsen. Seither verdeutlichen Dauer- und Sonderausstellungen mit den Schwerpunkten Archäologie, Kultur, Geschichte und Kunst das Profil der Mühlhäuser Museen und verweisen zugleich auf Spezialthemen, die in den anderen Objekten vorgestellt werden.
Diesem Prinzip folgte auch die Neukonzipierung des Kulturhistorischen Museums, die nach Abschluss der grundhaften Sanierung des Hauses 2013 umgesetzt wurde. Mit der Neueröffnung der zwei ersten Bereiche der Dauerausstellung ist das Haus seit 29. Juni 2014 dem Besucherverkehr wieder zugänglich. Damit präsentieren sich die Mühlhäuser Museen nach der inhaltlichen und gestalterischen Neukonzeption als museales Netzwerk, von dessen Zentrum, dem Kulturhistorischen Museum, Anregungen für Begegnungen mit Spezialthemen ausgehen, die von Archäologie über reichsstädtische Geschichte und Reformationsepoche bis hin zur jüngeren Kunstgeschichte Thüringens reichen.
