Das Schiffahrtsmuseum, ein 1843 errichtetes und unter Denkmalschutz stehendes Gebäude direkt am Hafen., hat seinen Platz im ehemaligen Zollpackhaus gefunden und stellt die Geschichte Flensburgs als Hafen- und Handelsstadt dar.. Zu den Beständen an Schiffahrtsrealien gehören eine große Anzahl von Schiffsportraits des 19. Jahrhunderts, Schiffsmodellen, Galionsfiguren oder Navigationsinstrumente,ausserdem sehenswert ist die Sonderabteilung der Flensburger Rum-Herstellung im Keller des Gebäudes.
